Genetic Association with JMP Genomics

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Genomica di JMP è uno strumento specializzato ma ampio per l'analisi di dati genetici, genomici e di altro tipo "-omico".

Che si tratti di analisi delle espressioni, GWAS, modellazione predittiva o selezione vegetale, JMP Genomics ha uno strumento per soddisfare le necessità.

Questa serie di blog copre l'associazione genetica, iniziando con l'importazione dei dati e proseguendo attraverso diverse condotte analitiche.

I collegamenti a ciascuno dei nove post del blog sono accessibili qui quando diventano disponibili. La puntata di questa settimana è Genetic Association with JMP Genomics, Part 1: Importazione e pulizia dei dati e copre l'importazione di una serie di file .txt in JMP, trasposizione e fusione di set di dati e preparazione dei dati dei marker per l'analisi.

Profilo della serie

Importare

1. Genetic Association with JMP Genomics, Part 1: Importazione e pulizia dei dati
   
   1. Importa dati EDF e Marker
   2. Trasposizione e fusione
   3. Ricodifica mancante
   4. Genotipi numerici
   5. Importa annotazione

Flusso di lavoro genetico di base

2. Genetic Association with JMP Genomics, Part 2: Basic Genetics Workflow (Case-Control)
   1. Statistiche dei marker
   2. Marker Properties
   3. Caso-controllo

Modello misto QK

3. Associazione genetica con Genomica di JMP, parte 3a: matrice di relazione basata sui marcatori

1. K Matrix Compression

4. Associazione genetica con Genomica di JMP, Parte 3b: Matrice della struttura della popolazione
5. Associazione genetica con Genomica JMP, parte 3c: modello misto QK
6. Associazione genetica con Genomica JMP, Parte 3d: Flusso di lavoro modello misto QK per associazione genetica
   1. Matrice della struttura della PCA e della popolazione
   2. Matrice delle relazioni da Marker Data
   3. Modello misto QK

Linkage Mapping e QTL

7. Associazione genetica con Genomica di JMP, parte 4: Mappatura di base del collegamento
8. Associazione genetica con Genomica di JMP, parte 5: QTL Single Marker Analysis

GWAS

9. Associazione genetica con JMP Genomics, parte 6: Associazione SNP-Trait