LSMeans Differences Student's tからのデータの報告

[#1]

こんにちは、みんな、

LSMeans Differences Student's t の表から特定のデータを使用してレポートを作成しようとしています。

次のいずれかの形式のテーブルを希望します。

残念ながら、平均値を正しく印刷できず、大きなテーブルからデータを取得できません。以下のようになります。

私は次のコードを試しました。ここでは、「17」を 1 から 30 までの数字に変更しましたが、何も機能しません。17 は別のアウトライン ボックス用です。

sd = Open( "test_table.jmp" );Fitmod = Fit Model(Y( :"Test value"n ),Effects( :Person ),Random Effects( :Day[:Person] ),NoBounds( 0 ),Personality( "Standard Least Squares" ),Method( "REML" ),Emphasis( "Effect Leverage" ),Run(:"Test value"n << {Summary of Fit( 1 ),Analysis of Variance( 0 ), Parameter Estimates( 1 ), Scaled Estimates( 0 ),Plot Actual by Predicted( 1 ), Plot Regression( 0 ),Plot Residual by Predicted( 1 ), Plot Studentized Residuals( 0 ),Plot Effect Leverage( 1 ), Plot Residual by Normal Quantiles( 0 ),{:Person << {LSMeans Student's t( 0.05 )}}}),Where( :ID == "A1" ),SendToReport(Dispatch({"Test value ID=A1"},"Whole Model",OutlineBox,{Close( 1 )}),Dispatch({"Test value ID=A1", "Person"},"Leverage Plot",OutlineBox,{Close( 1 )})));report(Fitmod) [Outline Box( 2 )] << Close( 0 );reportFitmod = Fitmod << Report;sumfit = reportFitmod[Outline Box( 17 )][Number Col Box( 1 )] << Get as Matrix; 

meandiff = sumfit[1];
lowerCL = sumfit[3];
upperCL = sumfit[4];term = reportFitmod[Outline Box( 13 )][String Col Box( 1 )] << Get();est = reportFitmod[Outline Box( 13 )][Number Col Box( 1 )] << Get as Matrix;dvalues = [];dvalues = meandiff |/ lowerCL |/ upperCL ;sfactor = term[2];dlg = New Window( "Custom Report",Outline Box( "Selected Values",Lineup Box( N Col( 2 ),Text Box( "Factor of Interest: " ),Text Box( sfactor ), ),tb = Table Box(String Col Box( " ",{"Mean difference: ", "Upper limit: ", "Lower limit: "}),Spacer Box( Size( 30, 30 ) ),,Spacer Box( Size( 0, 30 ) ),,Table Box(CloneTerm,Spacer Box( Size( 10, 0 ) ),,Number Col Box( "Estimate", est ),Spacer Box( Size( 10, 0 ) ),,Number Col Box( "Mean difference", meandiff))));tb << Set Shade Headings( 0 ); // Turn off shaded table headings.tb << Set Heading Column Borders( 0 ); // Turn off table column borders.

大きなテーブルからのデータをどのようにレポートしますか?

よろしくお願いします

[#2]

JMP コミュニティへようこそ。

添付したデータ テーブルとスクリプトが混同されていると思われます。スクリプト内の分析対象列への参照が、添付したデータ テーブル内の列と一致していません。

正しい添付ファイルを提供していただければ、コミュニティがあなたの取り組みを支援できると確信しています。

[#3]

ジム様

混乱をお詫び申し上げます。お知らせいただきありがとうございます。正しいスクリプトを添付しました。

ジュリー

[#4 · Accepted solution]

これにより、最終製品を手に入れるのに有利になるかもしれません。

Names Default To Here( 1 );
sd = //Open( "test_table.jmp" );
Data Table( "test_table" );
Fitmod = Fit Model(
	Y( :"Test value"n ),
	Effects( :Person ),
	Random Effects( :Day[:Person] ),
	NoBounds( 0 ),
	Personality( "Standard Least Squares" ),
	Method( "REML" ),
	Emphasis( "Effect Leverage" ),
	Run(
		:"Test value"n << {Summary of Fit( 1 ), Analysis of Variance( 0 ), Parameter Estimates( 1 ), Scaled Estimates( 0 ),
		Plot Actual by Predicted( 1 ), Plot Regression( 0 ), Plot Residual by Predicted( 1 ), Plot Studentized Residuals( 0 ),
		Plot Effect Leverage( 1 ), Plot Residual by Normal Quantiles( 0 ), {:Person << {LSMeans Student's t( 0.05 )}}}
	),
	Where( :ID == "A1" ),
	SendToReport(
		Dispatch( {"Test value ID=A1"}, "Whole Model", OutlineBox, {Close( 1 )} ),
		Dispatch( {"Test value ID=A1", "Person"}, "Leverage Plot", OutlineBox, {Close( 1 )} )
	)
);
Report( Fitmod )[Outline Box( 2 )] << Close( 0 );
reportFitmod = Fitmod << Report;
sumfit = reportFitmod[Outline Box( "Least Squares Means Table" )][Number Col Box( 1 )] << Get as Matrix; 
// Get data from CrossTab table
crossTab = reportFitmod[Outline Box( "LSMeans Differences Student's t" )][CrosstabBox( 1 )] << get as matrix;
// Get Where clause variable
whereCol = Word( 2, ((reportFitmod << parent)[Text Box( 1 )]) << get text, ":=)" );
whereVal = {};
Eval( Parse( "insert into(whereVal," || Word( 2, ((reportFitmod << parent)[Text Box( 1 )]) << get text, "=)" ) || ");" ) );
meandiff = Round( Abs( crossTab[1, 2] ), 4 );
lowerCL = Round( Abs( crossTab[3, 2] ), 3 );
upperCL = Round( Abs( crossTab[4, 2] ), 3 );
term = reportFitmod[Outline Box( "Least Squares Means Table" )][String Col Box( 1 )] << Get();
est = reportFitmod[Outline Box( "Least Squares Means Table" )][Number Col Box( 1 )] << Get as Matrix;
testValue = {};
Insert Into( testValue, (Substr( reportFitmod[Outline Box( 1 )] << get title, 10 )) );
dif = {};
Insert Into( dif, Char( meandiff ) || " [" || Char( lowerCL ) || ";" || Char( upperCL ) || "]" );

dlg = New Window( "Custom Report",
	Outline Box( "Selected Values",
		Lineup Box( N Col( 2 ), Text Box( "Factor of Interest: " ), Text Box( sfactor ) ),
		Spacer Box( size( 0, 10 ) ),
		tb = Table Box(
			String Col Box( "Test Value", testvalue ),
			String Col Box( whereCol, whereVal ),
			Number Col Box( "Mean, " || term[1], sumfit[1] ),
			Number Col Box( "Mean, " || term[2], sumfit[2] ),
			String Col Box( "Difference in mean and CI", dif )
			
		)
	)

);
tb << Set Shade Headings( 0 ); // Turn off shaded table headings.
tb << Set Column Borders( 1 ); // Turn off table column borders.
tb << Set row Borders( 1 );
tb << border( 1 );

 

[#5]

こんにちは、ジムさん

さまざまな要素をすべて含むテーブルを生成するために複数の ID がある場合、スクリプトをどのように変更すればよいでしょうか? これにはループを実装できますか?

よろしくお願いします、

ジュリー

[#6]

複数レベルの ID を処理できるように JSL を変更しました。

Names Default To Here( 1 );
sd = //Open( "test_table.jmp" );
Data Table( "test_table " );
Fitmod = Fit Model(
	Y( :"Test value"n ),
	Effects( :Person ),
	Random Effects( :Day[:Person] ),
	NoBounds( 0 ),
	Personality( "Standard Least Squares" ),
	Method( "REML" ),
	Emphasis( "Effect Leverage" ),
	Run(
		:"Test value"n << {Summary of Fit( 1 ), Analysis of Variance( 0 ), Parameter Estimates( 1 ),
		Scaled Estimates( 0 ), Plot Actual by Predicted( 1 ), Plot Regression( 0 ),
		Plot Residual by Predicted( 1 ), Plot Studentized Residuals( 0 ), Plot Effect Leverage( 1 ),
		Plot Residual by Normal Quantiles( 0 ), {:Person << {LSMeans Student's t( 0.05 )}}}
	),
	by( :ID ),
	SendToReport(
		Dispatch( {"Test value ID=A1"}, "Whole Model", OutlineBox, {Close( 1 )} ),
		Dispatch( {"Test value ID=A1", "Person"}, "Leverage Plot", OutlineBox, {Close( 1 )} )
	)
);

// Set the lists for the storage of the data from the by groups
whereVal = testValue = dif = sumfit1 = sumfit2 = {};

// Loop across each by group and gather the data
For Each( {rpt, group}, Fitmod, 
	// Point to the current report
	reportFitmod = Fitmod[group] << Report;
	
	// Get the means for the 2 levels
	sumfit = reportFitmod[Outline Box( "Least Squares Means Table" )][Number Col Box( 1 )] << Get as Matrix;
	Insert Into( sumfit1, sumfit[1] );
	Insert Into( sumfit2, sumfit[2] );
	term = reportFitmod[Outline Box( "Least Squares Means Table" )][String Col Box( 1 )] << Get();
	
	// Get By Group column
	whereCol = Word( 1, (reportFitmod[Outline Box( 1 )] << get title), "=)" );
	Insert Into( whereVal, Word( 2, (reportFitmod[Outline Box( 1 )] << get title), "=)" ) );
		
	// Get data from CrossTab table
	crossTab = reportFitmod[Outline Box( "LSMeans Differences Student's t" )][CrosstabBox( 1 )] <<
	get as matrix;
	meandiff = Round( Abs( crossTab[1, 2] ), 4 );
	lowerCL = Round( Abs( crossTab[3, 2] ), 3 );
	upperCL = Round( Abs( crossTab[4, 2] ), 3 );
	
	// Get the Response variable name
	Insert Into( testValue, (Substr( (reportFitmod << topparent)[Outline Box( 1 )] << get title, 10 )) );

	// Create the Differeence in mean and CL string
	Insert Into( dif, Char( meandiff ) || " [" || Char( lowerCL ) || ";" || Char( upperCL ) || "]" );
);

// Create the table
dlg = New Window( "Custom Report",
	Outline Box( "Selected Values",
		Lineup Box( N Col( 2 ), Text Box( "Factor of Interest: " ), Text Box( term[1] ) ),
		Spacer Box( size( 0, 10 ) ),
		tb = Table Box(
			String Col Box( "Test Value", testvalue ),
			String Col Box( whereCol, whereVal ),
			Number Col Box( "Mean, " || term[1], sumfit1 ),
			Number Col Box( "Mean, " || term[2], sumfit2 ),
			String Col Box( "Difference in mean and CI", dif )
			
		)
	)

);
tb << Set Shade Headings( 0 ); // Turn off shaded table headings.
tb << Set Column Borders( 1 ); // Turn off table column borders.
tb << Set row Borders( 1 );
tb << border( 1 );

ここでのあなたの仕事は、スクリプトを研究し、それが何を行うかを学ぶことです。スクリプトは、指定したサンプル データ テーブルと適合モデルで機能します。ただし、異なる列を持つ異なるデータ テーブルと異なる適合モデル実行は、レポート出力を生成する JSL では機能しない可能性があります。ニーズに合わせてスクリプトを変更できるほどの知識を身に付ける必要があります。

これに関する参考資料としては、JMP の [ヘルプ] プルダウン メニューから利用できるスクリプト ガイドとスクリプト インデックスが挙げられます。

もちろん、JMP ディスカッション コミュニティがスクリプトの学習をサポートします。

[#7]

素晴らしい作品をありがとうございました！

スクリプトを実行しようとしましたが、エラーが発生します。古いケースを参照したり、For Each 関数とエラーの両方を Google で検索したり、スクリプトを変更しようとしたりしましたが、うまくいきませんでした。バージョン 16 を使用していますが、これがスクリプトに問題を引き起こす可能性がありますか?

私の考えでは、このエラーは {rpt, group} に起因しています。For Each ですべてを削除しようとしましたが、それでもこのエラーが発生します。

大部分は理解できますが、この rpt はどこから取得され、どのように使用されるのでしょうか? For Each( {rpt, group} ...) でのみ言及されているため、どのように適合するかを合理的に説明できません。

[#8]

どのバージョンの JMP を使用していますか? For Each() はバージョン 16 で JMP に追加されました。Fit Mod の By() 機能は JMP 18 まで追加されませんでした。

これら両方の変更を処理するには、スクリプトを変更する必要があります。

[#9]

私は JMP バージョン 16.1.0 を使用しているので、それが原因であるに違いありません。

FitMod 関数を別の関数に置き換える必要がありますか、それとも FitMod を別の方法で引き続き使用できますか?

[#10 · Accepted solution]

以下はスクリプトの修正版です。JMP 16 でテストしました。By 句を削除し、各レベルの ID に対して個別にフィット モデルを実行する For Each() ループに機能を置き換えました。次に、スクリプトは個別のフィット モデル出力からの出力を収集し、最終的な出力表示を生成します。

Names Default To Here( 1 );
sd = //Open( "test_table.jmp" );
Data Table( "test_table" );
Fitmod = {};

// Determine the levels in the ID column
summarize( sd, ByGroups = By( :ID ) );

// Loop across each levle of ID 
For Each( {BG, group}, ByGroups,
	Fm = Fit Model(
		Y( :"Test value"n ),
		Effects( :Person ),
		Random Effects( :Day[:Person] ),
		NoBounds( 0 ),
		Personality( "Standard Least Squares" ),
		Method( "REML" ),
		Emphasis( "Effect Leverage" ),
		Run(
			:"Test value"n << {Summary of Fit( 1 ), Analysis of Variance( 0 ),
			Parameter Estimates( 1 ), Scaled Estimates( 0 ), Plot Actual by Predicted( 1 ),
			Plot Regression( 0 ), Plot Residual by Predicted( 1 ),
			Plot Studentized Residuals( 0 ), Plot Effect Leverage( 1 ),
			Plot Residual by Normal Quantiles( 0 ), {:Person << {LSMeans Student's t( 0.05 )}}}
		),
		Where( :ID == ByGroups[group] ),
		SendToReport(
			Dispatch( {"Test value ID=A1"}, "Whole Model", OutlineBox, {Close( 1 )} ),
			Dispatch(
				{"Test value ID=A1", "Person"},
				"Leverage Plot",
				OutlineBox,
				{Close( 1 )}
			)
		)
	);

// Save the pointer to the results in the Fitmod list
	Insert Into( Fitmod, Fm );
);

// Set the lists for the storage of the data from the by groups
testValue = dif = sumfit1 = sumfit2 = {};

// Loop across each by group and gather the data
For Each( {rpt, group}, Fitmod, 
	// Point to the current report
	reportFitmod = Fitmod[group] << Report;
	
	// Get the means for the 2 levels
	sumfit = reportFitmod[Outline Box( "Least Squares Means Table" )][Number Col Box( 1 )] << Get as Matrix;
	Insert Into( sumfit1, sumfit[1] );
	Insert Into( sumfit2, sumfit[2] );
	term = reportFitmod[Outline Box( "Least Squares Means Table" )][String Col Box( 1 )] << Get();
	
	// Get By Group column
	whereCol = Word( 2, ((reportFitmod << parent)[Text Box( 1 )]) << get text, ":=)" );
		
	// Get data from CrossTab table
	crossTab = reportFitmod[Outline Box( "LSMeans Differences Student's t" )][CrosstabBox( 1 )] <<
	get as matrix;
	meandiff = Round( Abs( crossTab[1, 2] ), 4 );
	lowerCL = Round( Abs( crossTab[3, 2] ), 3 );
	upperCL = Round( Abs( crossTab[4, 2] ), 3 );
	
	// Get the Response variable name
	Insert Into( testValue, (Substr( (reportFitmod << topparent)[Outline Box( 1 )] << get title, 10 )) );

	// Create the Differeence in mean and CL string
	Insert Into( dif, Char( meandiff ) || " [" || Char( lowerCL ) || ";" || Char( upperCL ) || "]" );
);

// Create the table
dlg = New Window( "Custom Report",
	Outline Box( "Selected Values",
		Lineup Box( N Col( 2 ), Text Box( "Factor of Interest: " ), Text Box( term[1] ) ),
		Spacer Box( size( 0, 10 ) ),
		tb = Table Box(
			String Col Box( "Test Value", testvalue ),
			String Col Box( whereCol, ByGroups ),
			Number Col Box( "Mean, " || term[1], sumfit1 ),
			Number Col Box( "Mean, " || term[2], sumfit2 ),
			String Col Box( "Difference in mean and CI", dif )
			
		)
	)

);
tb << Set Shade Headings( 0 ); // Turn off shaded table headings.
tb << Set Column Borders( 1 ); // Turn off table column borders.
tb << Set row Borders( 1 );
tb << border( 1 );