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JSL을 활용한 PLA (Parallel Line Assays) 분석 자동화

이전 Post(JMP를 활용한 Biological Assays - 개념 및 PLA(Parallel Line Assay) 분석방법)를 통해 BioAssay 분석방법의 개념 및 JMP에서의 분석법을 간단히 살펴보았습니다.

이번 Post에서는 JMP를 활용한 BioAssay 분석법을 JSL(JMP Scripting Language)을 이용하여 자동화(정확히는 반자동화 : Semi-Automating)하는 방법에 대해 공유하고자 합니다.

 

JMP Journal 기능을 이용, Data Table이 주어졌을 때 Test for Regression / Test for Parallelism / Test for Linearity( Post에서는 다루지 않습니다) / Relative Potency 산출 및 95% 신뢰구간 산출을 스크립트를 이용하여 반자동화하였습니다.

 

작성한 Journal은 별도로 배포(첨부)하지 않았기 때문에, 필요하신 분은 daeyun.kim@jmp.com 으로 문의해 주시면 되겠습니다.

 

먼저, 유럽 약전 EP 5.3의 사례 5.1.1 Data Table에서 Preparation U를 제외한 두개의 Preparation(S / T)만으로 분석한다고 가정한 경우입니다.

 

그림1.png

 

위 화면이 최종적으로 만든 JMP Journal이며, 다음과 같은 순서로 분석자동화를 수행하게 됩니다.

 

DaeYun_Kim_1-1580453958961.jpeg

 

① Data Table 준비 : 본 posting에서는 두개의 preparation 만 사용합니다. 첫번째 버튼을 누르면 아래와 같이 Data Table이 준비된 것을 확인할 수 있습니다.
물론 아래의 경우엔 이미 open 되어 있는 자료이며, 다음 단계의 스크립트를 적용하기 위해선 동일한 format data table이 필요합니다.
또한, 이 데이터 테이블은 최종 5단계까지 닫아서는 안 됩니다.

DaeYun_Kim_0-1580455205995.jpeg

 

② PLA (Parallel Line Assays) 를 위한 첫번째 Test for Regression


Journal에 있는 “Test for Regression” 버튼을 누르면 아래와 같이 각 제제(Preparation) 별 기울기가 의미있는 지에 대한 통계적 검정을 실시합니다.
DaeYun_Kim_3-1580453958996.jpeg

 

또한, 非 통계전공자의 경우 위 분석결과 해석이 어려울 수 있는 관계로, 그 다음 버튼인 “View Test Result” 를 누르면 아래와 같이 Test 결과(Passed / Failed)를 출력하게끔 되어 있습니다.

 
 
 
 
 

DaeYun_Kim_0-1580455592954.jpeg

 

③ PLA (Parallel Line Assays) 를 위한 두번째 Test for Parallelism


②번과 마찬가지로 Journal에 있는 “Test for Parallelism” 버튼을 누르면 아래와 같이 두 제제(Preparation)의 기울기가 평행한 지에 대한 통계적 검정을 실시합니다.

DaeYun_Kim_5-1580453959011.jpeg

非 통계전공자를 위한 “View Test Result” 버튼을 통해 아래와 같이 Test 결과(Passed / Failed)를 출력하게끔 되어 있습니다.
DaeYun_Kim_6-1580453959013.jpeg

 

④ Relative Potency와 95% 신뢰구간 구하는 방법

 

"Relative Potency & Confidence Interval" 버튼을 누르면 아래와 같은 결과창이 출력됩니다.

 

re.png

 

⑤ 위 모든 결과를 하나의 화면으로 만드는 버튼이 두개의 “Generating Report” / “Export Final Report as PDF” 버튼입니다.


첫번째 “Generating Report” 버튼을 누르면 한눈에 보기 좋게 각 세 개(Regression / Parallelism / Relative Potency) 결과를 가로로 병합하여 아래와 같은 결과를 보여줍니다.

DaeYun_Kim_1-1580455617438.jpeg

 

 

 

두번째 “Export Final Report as PDF” 버튼은 모든 결과를 reporting 하는 목적으로 pdf 파일로 만드는 스크립트입니다. 이 결과는 출력이 용이하도록 세로로 모든 결과를 병합하였습니다.

DaeYun_Kim_2-1580455629607.jpeg

DaeYun_Kim_3-1580455654361.jpeg

 

위와 같이 세로로 병합된 최종 pdf 파일은 본 post에 첨부하여 드립니다. 참고하시기 바랍니다.

DaeYun_Kim_11-1580453959096.jpeg

 



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