SASシステムの PROC GLM とJMPを比較した場合に違いが発生するのは、因子の組み合わせごとのデータ数が等しくない場合や変量効果がある場合です。この違いはそれぞれのパラメータ化(コード変換)の方法と統計量を算出するアルゴリズムに違いがあるために起こります。JMPのアルゴリズムはコンピュータ資源をより効率的に使用しますが、GLMのアルゴリズムのほうがより一般的です。どちらかが誤っているということではなく、ただ方法が違うだけです。
2つの相違に関するより詳しい情報については、JMPオンラインヘルプ「基本的な回帰モデル」の「統計的詳細」の章にある、「名義尺度の効果における特異性と欠損セル」を参照してください。
FAQ # 462