工程能力指数Cpkは求められますか？

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可能です。
［一変量の分布］のレポートで、列名が表示されているタイトルバーの赤い三角ボタンから［工程能力分析］を選択し、表示されたダイアログに必要な数値を入力してください。仕様限界の値をデータテーブルに保存しておく場合は、同じ三角ボタンから［保存］→［仕様限界］を選択してください。

補足
管理図でも、変数選択画面で［工程能力］の欄にチェックを入れることによって工程能力を求めることができます。このとき、管理図で使用するシグマを用いて求めた工程能力も出力されます。

また、JMP 10以降では［分析］→［品質と工程］→［工程能力］のプラットフォームにより、複数の変数について工程能力指数を一覧形式で表示できます。
工程能力のレポートにある赤い三角ボタンから［要約レポート］→［群内シグマの要約レポート］／［全体シグマの要約レポート］を選択します。

JMP 13 以降では、［分析］→［スクリーニング］メニューの［工程のスクリーニング］プラットフォーム（JMP 17からは［分析］→［品質と工程］メニュー内）を用いることで、一定の期間における多数の工程を検討できます。 このプラットフォームは、CPKを含む、工程の安定性と工程能力に関する指標を算出します。