データに対する同じ分析の繰り返し、インターフェースのカスタマイズなどのさまざまな作業は、JMPスクリプト言語（JSL）を使って実行できます。
また、JMPスクリプト言語以外にも、Visual Basicなどの言語を使いOLEオートメーションを利用してJMPの作業を自動化することも可能です（Windowsの場合のみ）。