投与前値などの共変量を考慮して投与後値に対し薬剤群などの群間比較をする場合に共分散分析が広く用いられている．伝統的に共分散分析の適用に際し，考慮する共変量と薬剤群に交互作用がないことを前提にしている．観測する反応に下限があるような場合に，共変量と薬剤群に交互作用が出やすいことも知られている．精度の高い実験の場合には，薬剤間にわずかな傾きの差があっても，統計的には交互作用が有意な差となりやすく，精度の低い実験の場合には，多少の傾きの差があっても統計的には有意な差となりにくい．JMPの「モデルのあてはめ」で，共変量と薬剤群の交互作用をモデルに含めると共変量に対してのみ中心化が自動的に行われ，薬剤群に対する最小2乗平均を出力することもできる．さて，交互作用のある場合の最小2乗平均をどのように解釈したら良いのだろうか．交絡変数がある場合にも共分散分析が適用できるのだが，明らかな交互作用が出やすい．JMPの交互作用に対する中心化した場合の最小2乗平均の活用方法について新たな知見が得られたので報告する．