医学分野での分析に疎いためにご質問を理解できてないのですが,ANVOVAは"ANCOVA"(共分散分析, analysis of covariance)でしょうか? 具体的にどのようなモデルをあてはめていて,目的変数(応答変数,Y変数,従属変数)と説明変数(予測変数,X変数,因子)のどちらに欠測値(欠損値)があるのでしょうか? 「アトラス」,「健常者群/疾患群」およびその他の共変量を含めて,「方定量値」を応答変数にしてANCOVAを行っているということでしょうか?
■「モデルのあてはめ」で共分散分析モデル(ANCOVAモデル)などの線形回帰モデルをあてはめた場合,応答変数において欠測値があるデータ行は,パラメータ推定値(回帰係数,重み, parameter estimate)の計算には使われません。ただし,このように応答変数が欠測値であっても,応答変数の予測値(predicted value)を求めることはできます。
■「モデルのあてはめ」で共分散分析モデル(ANCOVAモデル)などの線形回帰モデルをあてはめた場合,説明変数において欠測値があるデータ行は,[欠測値をカテゴリとして扱う]オプションによって動作が異なります。
-[欠測値をカテゴリとして扱う]オプションがオフの場合には,説明変数のいずれかに欠測値が1つでもあるデータ行は計算から除外されます。この場合,パラメータ推定値の計算に,その欠測値のある行は使われません。また,応答変数に対する予測値も欠測値となります。
-[欠測値をカテゴリとして扱う]オプションがオンの場合には,説明変数の欠測値は1つのカテゴリとして扱われ,分析に利用されます。この場合,パラメータ推定値の計算に,その欠測値のある行は使われます。また,応答変数に対する予測値も計算されます。
[欠測値をカテゴリとして扱う]オプションは,「モデルのあてはめ」起動ダイアログにおける左上隅の「モデルの指定」の赤い三角ボタンをクリックすると表示されるオプションでオン/オフを切り替えることができます。

Yusuke Ono (Senior Tester at JMP Japan)